2024年2月，来自Shyam Prabhakar 和Kok Hao Chen研究团队的Vipul Singhal、Nigel Chou和Joseph Lee等人在Nature Genetics上发表了一篇题为《BANKSY unifies cell typing and tissue domain segmentation for scalable spatial omics data analysis》（https://www.nature.com/articles/s41588-024-01664-3）的研究文章。这项工作开发了一种名为BANKSY的空间聚类算法。
banksy可以结合细胞的转录组信息和局部微环境信息，提升空间组学数据分析的准确性和效率，提高细胞类型聚类和组织域分割的性能。
将邻域信息纳入聚类中。
- 改善细胞类型分配
- 区分微环境的不同细胞类型
- 确定共享相同微环境的空间域
banksy使用混合参数，权衡细胞转录组矩阵和邻域表达矩阵的贡献，较小的参数设置强调自身的转录组，因此导致细胞根据细胞类型进行聚类。
R代码实现后续更
参考教程：https://mp.weixin.qq.com/s/VhLW5J326GAHIv-gBWIZng