作者，Evil Genius
一直以来我们做单细胞空间都在研究基因表达，对于单细胞空间分析lncRNAs，不知道大家研究的有多深。
首先我们来看一下什么是lncRNAs
长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,LncRNAs)是一类不编码蛋白质的RNAs，长度大于200碱基对。它们可以通过自身折叠，形成特定的空间结构，再与多种蛋白质互相作用。还可以按照碱基互补配对原则，特异性地识别其他核酸，进而将蛋白质“引诱”至特定的序列位点，发挥影响，从而调控生物体的表型。要知道，在人类基因组中，LncRNAs占据着大量的片段，但对于学界来说，它们依然是基因组中“暗物质”。
非编码RNA占据基因组区域比例图
今日参考文献
虽然大多数关于治疗靶点和生物标志物的研究都集中在蛋白质上，但非编码rna（如长链非编码rna (lncRNAs)）构成了大部分转录组，并表现出优越的组织和癌症特异性表达。
知识积累
- 利用空间转录组学研究CRC肿瘤中的lncRNAs，与bulk RNA测序相比，提供了更精确的细胞类型特异性表达数据。
- 根据其基因组或表观基因组状态，CRC可分为三种主要的临床亚型。这些是微卫星不稳定性(MSI)状态，染色体不稳定性(CIN)状态和CpG岛甲基化表型(CIMP)。
- 大多数结直肠癌病变是MSS，通过CIN途径发展，其中全部或部分染色体被duplicated or deleted。
- 肿瘤抑制基因内CpG岛的超甲基化可能导致结直肠癌肿瘤的发展，导致其转录缺失，从而导致结直肠癌的发展。
- 大部分LncRNAs可以通过传统的基于聚腺苷化的mRNA测序方法检测到。
- lncRNAs已被证明在许多生物学过程中发挥重要作用，包括x染色体失活、基因表达的表观遗传调控和转录后调控。lncRNAs表达失调可导致疾病，lncRNAs被认为是多种癌症的驱动因素，包括CRC。
- 使用空间转录组学来解决这些问题，允许在接近单细胞分辨率下对恶性上皮细胞群体进行特异性研究，而不会丢失肿瘤及其周围微环境的空间结构。空间转录组学正在成为研究癌症的有力工具。由于肿瘤的空间背景被保留，能够在组织的转录组和组织病理学的指导下精确地识别和表征肿瘤的转移区域。
- 使用空间转录组学技术鉴定了301个在结直肠癌患者组织恶性区域特异性表达的lncRNAs，并与邻近正常结肠上皮进行了比较。
结果1、空间转录组学证实了细胞组织成分的空间结构
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病理学家手动检查H&E染色的组织切片 + Seurat 聚类
空间转录组学检测患者组织中mRNA的空间不同表达模式
空间转录组学检测患者组织中lncRNA在空间上不同的表达模式
结果3、新型lncRNA与结直肠癌患者疾病和生存相关
结果4、Prioritised candidate lncRNAs are detectable in early-stage disease
- 利用空间转录组学特异性检测与恶性组织相关的lncrna的方法。
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lincRNA 具有作为预后标志物的潜力。